Государственное казенное учреждение «Центр финансового сопровождения системы образования и науки Республики Саха (Якутия)» образовано в соответствии с распоряжением Правительства Республики Саха (Якутия) от 12 января 2018 г. №16-р «О реорганизации в форме слияния государственного казенного учреждения Республики Саха (Якутия) «Центр финансового сопровождения системы профессионального образования» (ГКУ РС(Я) «ЦФССПО») и государственного казенного учреждения «Централизованная бухгалтерия Министерства образования и науки Республики Саха (Якутия)» (ГКУ «ЦБ МОИН РС(Я)») и о внесении изменений в отдельные правовые акты Правительства Республики Саха (Якутия).

Учредителем учреждения является Республика Саха (Якутия), функции учредителя выполняют Правительство Республики Саха (Якутия), Министерство образования и науки Республики Саха (Якутия) (МОИН РС(Я) и Министерство имущественных и земельных отношений Республики Саха (Якутия) (МИЗО РС(Я).

Реорганизация учреждения завершена 28 апреля 2018 г., зарегистрирован Устав учреждения, присвоен ОГРН 1181447006113, ИНН 1435332236, КПП 143501001, в Единый государственный реестр юридических лиц внесена запись об образовании учреждения в результате реорганизации (в форме слияния) двух учреждений: ГКУ «ЦБ МОИН РС(Я)» и ГКУ РС(Я) «ЦФССПО».

Учреждение является некоммерческой организацией, осуществляющей оказание государственных услуг, выполнение работ и (или) исполнение государственных функций в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов государственной власти Республики Саха (Якутия), финансовое обеспечение деятельности которого осуществляется за счет средств бюджета Республики Саха (Якутия) на основании бюджетной сметы.